Tę świątynie widać dziś zewsząd i jest najokazalszym zabytkiem sakralnym współczesnego Grodna. Nazywana jest Farą, kościołem po-jezuickim, faktycznie nosi tytuł Bazyliki Katedralnej św. Franciszka Ksawerego...
Fara powstał w oparciu o testament spisany w Niepołomicach w 1585r. przez Stefana Batorego. Król na budowę kościoła i kolegium jezuickiego przeznaczył wówczas 10 tys. zł. Fundacji zapisał też wiele swoich dóbr.
W czasach panowania Stefana Batorego (1571-1586) kościół zbudowano mniej więcej do połowy...
Wkrótce po śmierci króla, nadaną fundacji przez Batorego wieś Kundzin jezuici przekazali na uposażenie zakonnego nowicjatu w Wilnie, a powstającą świątynię przekazali w użytkowanie ówczesnej parafii farnej Wniebowzięcia NMP (Fara Witoldowa).
Inne nieruchomości wydzierżawili.
Dopiero 40 lat później w Grodnie stanął dom misyjny (1622) ze stałą rezydencją (1635) – otwarto też wcześniej planowane kolegium ze szkołą (1650). Budowa kościoła (1647-1654) ruszyła dopiero, gdy probostwo objął ks. Franciszek Dołmat Izajkowski (1633), późniejszy biskup smoleński. Prace wykończeniowe przerwała jednak rosyjska i szwedzka nawała. Mimo to biskup wileński Aleksander Sapieha już w 1667r. konsekrował hojnie wspierany kościół. Jezuici byli wówczas dostatnio uposażeni, czerpali zyski z kilkunastu folwarków z wsiami i pełnego skarbca zasilanego z zapisów. Krzysztof Chalecki oddał na dodatek zakonnikom folwark Kiełbasin, wieś Horostów, ziemię w Małachowiczach i działki w mieście, o. Hieronim Dziewiałtowski przekazał wspólnocie dobra Szupienie w pow. orszańskim, dzięki czemu w 1664r. rezydencje zamieniono na kolegium.
W roku 1650 u jezuitów odprawiano nabożeństwa w związku z Trybunałem Skarbowym Radomskim, który wówczas zebrał się w Grodnie. Cztery lata później do miasta przybył król Jan Kazimierz, by pogodzić zwaśnionych hetmanów Radziwiłła i Gosiewskiego. Na wschodnie granice Rzeczpospolitej nacierały wówczas wojska rosyjskie, trzeba było więc skutecznie wziąć się za obronę grodzieńskich zamków, co też Jan Kazimierz zarządził - ogłosił też pospolite ruszenie (wojna polsko-rosyjska, 1654-1667). Modlił się wówczas w grodzieńskiej farze, gdzie 40-godzinne nabożeństwo urządził o. superior Sylwester Dzieżewski. Rosjanie miasto jednak zajęli i nie odstąpili aż do 1659r., kiedy to hetman Paweł Sapieha zmusił ich do kapitulacji. Rok później Jezuici wrócili do spustoszonej rezydencji, podźwigniętej przez o. Dziewiałtowskiego. W 1664r. w ręce
jezuitów trafił przywieziony wcześniej z Rzymu przez Albrechta Radziwiłła dla Dominikanów
słynący cudami obraz NMP. Ojcowie umieścili go w ołtarzu kongregacyjnym „studentów Societatis Jesu". Odtąd wizerunek Matki Boskiej zaczął być czczony jako obraz Matki Boskiej Studenckiej, a łaski dzięki niemu czynione skrupulatnie zapisywane były w wileńskich sumariuszach.
Stalle kaplicy NMP zdobią pochodzące z czasów Jana Kazimierza sceny z czasów wojny z Moskwą, uwieczniona jest też uroczystość przeniesienia obrazu do kościoła Jezuitów. Zyskał on tak wielką rangę, że od 1679r. wszystkie uroczyste nabożeństwa związane z Sejmami i zjazdami odprawiane były właśnie tu. 26.12.1699 r. w drodze do Saksonii grodzieńskie kolegium odwiedził August II Mocny, a w listopadzie 1705 roku był tu z carem Piotrem I. Wtedy to kościół wyświęcał bp. chełmiński Teodor Potocki. Car ponoć przykładnie stał z królem w prezbiterium, ale nie posłuchał prośby rektora Józefa Rymgajły, by poskromić rabujących dookoła moskali (za J. Jodkowskim). W 1708r. w kolegium przebywał Karol XII, później zaś Stanisław Leszczyński. Łupieżcze przemarsze wojsk szwedzkich i rosyjskich nie zaszkodziły jednak Jezuitom, którzy sprowadzili wówczas z Królewca 6 bocznych ołtarzy kościoła, a nieco wcześniej (1706) wykończyli kaplicę boczną pw. św. Michała, na którą 10 tys. zł wyłożyła pani Puchalska. W 1709 w jezuickich włościach Kiełbasin ojcowie zbudowali dwór i kościół, podobny mieli też w Kotrze, gdzie zawisł inny cudowny obraz NMP. Zbudowali kaplice w Poniemuniu, Kochanowie i Mohilnej (późniejszej Rusocie).
Około 1750 roku rozpoczął się kolejny etap przebudów i zdobień
wnętrza. Wtedy powstały freski w niszach pod głównym gzymsem, pomiędzy pilastrami, w nawie głównej i bocznych ramionach krzyża, przedstawiające sceny z życia św. Franciszka Ksawerego. Rozpoczęła się budowa głównej kopuły, a być może i hełmów wież, ukończona w 1765r. W pierwszych dniach listopada 1774r. grodzieńscy jezuici dowiedzieli się o kasacji. Zamknięto filozofię i teologię, pozostawiono retorykę i nauki humanistyczne. Komisja Edukacyjna zamieniła kolegium na szkołę wydziałową. Oprócz bursy, w 1773r. utworzono dodatkowo szlachecki konwikt szlachecki. W kolegium nauki pobierał o. Marcin Poczobutt Odlanicki, znakomity astronom. Tutaj też był w nowicjacie (do r. 1751). Od 1687r. kolegium dysponowało własną apteką i drukarnią. Po zlikwidowaniu wspólnoty aptekę wydzierżawiono, a drukarnię – odtąd zwaną „Drukarnią Jego królewskiej Mości” - przejął Antoni Tyzenhauz. Grodzieńska fara nosi wspólne cechy z rzymskim kościołem Il Gesu, zaprojektowanym przez Jacopo Barozzi da Vignola oraz Giacomo della Porta dla Jezuitów (1568). Jego polskimi odpowiednikami są kościół Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Krakowie, Kościół Jezuitów we Lwowie, Kościół Bożego Ciała w Nieświeżu i właśnie Fara w Grodnie, przy której wznoszeniu wzorowano się na Il Gesu. To w nim
właśnie po raz pierwszy połączono formę budowli podłużnej z centralną, na planie łacińskiego krzyża, z kopułą na przecięciu nawy głównej z poprzeczną. Rozmiary i okazałość kościoła jezuickiego w Grodnie
zauważają dopiero stojący bliżej środka świątyni. W porównaniu z Il
Gesu, czy nawet krakowskim kościołem Św. Piotra fara jest wyjątkowo skromna. Tam mamy marmury, porfiry, jaspisy i szlachetne metale – tu zaś tynk i drewno. Podziały wnętrza zbliżone są do rzymskiego kościoła, z ta
różnicą, że tu podwójne pilastry podtrzymujące belkowanie z szerokim gzymsem zastąpiono pojedynczym. Arkady rozpięte między pilastrami w Il Gesu, w Grodnie zastąpiono szerokimi skromnymi niszami wypełnionymi malowidłami, przedstawiającymi sceny z życia patrona kościoła. Od włoskich budowli grodzieńską
farę odróżnia jednak fasada. Bliżej jej do wzorców niemieckich. Fasadę z boków ujmują dwie wieże, które w tradycji włoskiej
przyjmują raczej formę baszt i zwykle stoją osobno, jak np. w grodzieńskim kościele brygidzkim.
Największą ozdobą wnętrza Fary jest jedyny w swoim rodzaju
wielki drewniany ołtarz. Przestrzeń między lasem kolumn wypełniają posągi świętych i apostołów, z figurą Chrystusa, umieszczoną w pośrodku drugiej kondygnacji, zakończonych wyżej postaciami fundatorki— Konstancji z Jundziłłów Łazowej, kasztelanowej mścisławskiej. W rzeźbie widoczne są cechy późnego baroku i wpływu szkoły drezdeńskiej. Z czasów saskich pochodzą boczne ołtarze: z lewej św. Stanisława, z prawej św. Kazimierza. W tle obrazu przestawiającego św. Stanisława widać fragment bitwy z Turkami, co jest echem Wyprawy Wiedeńskiej, wyżej są herby Polski i Wielkiego Księstwa Litewskiego i postaci św. Kazimierza i św. Kunegundy. W ołtarzu św. Kazimierza wisi wizerunek świętego pędzla wileńskiego malarza Wańkowicza, wyżej widać natomiast tzw. cud św. Kazimierza pod Połockiem (1504). Z obu stron ołtarza stoją postaci polskich królów.
Ołtarz w kaplicy MB Kongregackiej (Studenckiej) pochodzi z drugiej połowy XVIII wieku. Znajduje się w nim cudowny obraz NMP, malowany na miedzi, umieszczony w srebrnej ramie. Obraz zasłaniany jest innym obrazem malowanym na płótnie, przedstawiającym Niepokalane Poczęcie NMP pędzla Róży Parczewskiej. na uwagę zasługują stalle zdobione malowidłami przedstawiającymi cuda i łaski MB kongregackiej. Nagrobki: płyta w posadzce pod ołtarzem św. Kazimierza z herbem Gozdawa i prawdopodobnie Kotwica Kołłątajów. przy filarze marmurowy pomnik dłuta lwowskiego rzeźbiarza Tomasza Dykasa
upamiętniający Antoniego Tyzenhauza, podskarbiego WKL i starosty grodzieńskiego. Na stopniach z szarego marmuru postać kobieca ze złoconego brązu.